Choroby autoimmunizacyjne to choroby wywołane przez odpowiedź odpornościową ustroju skierowaną przeciwko własnym tkankom. Przyczyny tych chorób są nieznane, ale wydaje się, że u wielu pacjentów występuje dziedziczna predyspozycja do ich występowania. W niektórych przypadkach chorób autoimmunizacyjnych (takich jak gorączka reumatyczna), odpowiedź immunologiczną wyzwala bakteria lub wirus,  a przeciwciała i limfocyty T atakują prawidłowe komórki, ponieważ niektóre elementy budowy tych komórek są bardzo podobne do struktury drobnoustrojów wywołujących infekcję.

Wyróżnia się dwa główne typy chorób autoimmunizacyjnych: wielonarządowe (układowe choroby autoimmunizacyjne) oraz takie, w których tylko pojedynczy organ lub tkanka są zajęte przez proces autoimmunizacyjny (narządowo swoiste choroby autoimmunizacyjne – Tabela 1). Jednak różnica pomiędzy nimi zaciera się, ponieważ w przebiegu narządowo swoistej choroby autoimmunizacyjnej często w sposób pośredni atakowane są również inne narządy i układy.

Tabela 1. Choroby autoimmunizacyjne

* Nadal toczy się dyskusja czy MS jest chorobą autoimmunologiczną

Pełniejsza lista schorzeń autoimmunologicznych znajduje się na stronie Amerykańskiego Towarzystwa Chorób Autoimmunologicznych w zakładce Informacja dla Pacjentów